1987年の動力ユニット移行と同時に箱も変更され、6代目箱が登場しました。1994年まで使用されています。
商品名の地色が黄色で統一された事から「黄色箱」、また蓋に文字だけのものと写真入りの2種類がある事から前者は「文字箱」と呼ばれるなど、通称が多いです。 通常の車両のパッケージは地色が青と緑、2スピード車やサウンド車は灰色となり区別されている様子ですが、「名鉄ブルーライナー」のように何故か灰色地の車両もあります。
蓋に写真が入ると同時に、箱の対象年齢表記が2歳から3歳に引き上げられ、プラレールロゴに登録商標マークが付くようになりました。また微妙な差異ですが、イラストの配色が若干変わっています。 カラフルな3両編成の箱に対して、1両単品の箱は黄色と白色のシンプルなデザインとなっていますが、共通デザインのものもあります。
6代目箱からは新動力時代になりますが、非往復の「EF-66」と「シュッポーD51」は絶版まで旧動力で製造されていました。
この箱から車種置き換えの概念が導入され、例えば「ロマンスカー」は「ニューロマンスカー」に、「名鉄パノラマスーパー」は「名鉄ブルーライナー」に置き換えられた例が見られます。
「L特急」のように1スピード車が2スピード車に改修された際に箱が変わったものもあります。
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